HOME > コラム > 会社分割の流れと税務判定｜適格・非適格で異なる手続きの留意点

企業の成長戦略や事業承継において、有力な選択肢となるのが会社分割です。特定の事業部門を切り離して独立させたり、不採算部門を整理したりと、組織の最適化を図る上で効果を発揮します。

しかし、その実務は多岐にわたり、会社法に基づいた手続きだけでなく、税務上の適格・非適格の判定を正しく行う必要があります。判定を誤れば、予期せぬ課税によって資金繰りに重大な影響を及ぼすリスクも否定できません。本記事では、会社分割の基本スキームから、吸収分割と新設分割の違い、さらには会社分割の流れや税務上の留意点まで詳しく解説します。

会社分割は、吸収分割や新設分割といったスキームを通じて事業部門を独立・承継させる有効な手法ですが、税務上の「適格判定」が最大の焦点となります。適格要件を満たす場合は資産・負債を帳簿価額で引き継ぐため譲渡損益課税を回避できますが、非適格となれば時価評価による課税が発生し、資金繰りに多大な影響を及ぼします。

また、適格分割であっても分割法人の繰越欠損金は原則として承継できない点や、登録免許税・不動産取得税といった移転コストが合併より重くなる傾向がある点に注意が必要です。あわせて、各種許認可は自動承継されないケースもあるため、法務・税務の両面から事前準備を徹底することが、再編成功の鍵となります。

会社分割とは、株式会社または合同会社がその事業に関して有する権利義務の全部または一部を、他の会社に承継させる手続きであり、特定の事業部門を独立させたり、不採算部門を切り離したりするなど、企業の経営効率化や事業承継のシーンで広く活用されています。会社法において、会社分割は吸収分割と新設分割の2種類が規定されています。

吸収分割と新設分割の大きな違いは、事業を引き継ぐ会社（承継会社）が、すでに存在している会社なのか、それとも新たに作る会社なのか、という点にあります。すでに存在している会社の場合は吸収分割、新たに作る会社の場合は新設分割といいます。

会社法における吸収分割と新設分割の定義はそれぞれ次のとおりです。

会社分割の税務上の取り扱いを考える際に重要となるのが、会社分割の対価（分割対価）を誰が受け取るかという点です。この点、分割法人の株主が分割対価を受け取る会社分割を分割型分割、分割法人が分割対価を受け取る会社分割を分社型分割といいます。

分割型分割と分社型分割の大きな違いは、分割法人の株主に対する影響（課税関係、仕訳、権利変動など）の有無にあります。分割型分割の場合は分割対価が株主に交付されることから、たとえば分割対価が分割承継法人の株式であった場合は、分割法人の株主は当該分割承継法人の株式を取得します。一方、分社型分割の場合は分割対価が分割法人に交付されることから、分割法人の株主に対する影響は極めて限定的です。

実務上、どちらの形式を選択するかによって、分割法人における資産の移転損益の計算や、株主側でのみなし配当の発生有無など、税務上の取り扱いが大きく異なります。特に兄弟会社を新設する場合や、完全に独立した組織を作る場合には、どちらのスキームが最適か慎重な判断が求められます。

会社分割は、特定の事業部門の権利義務を包括的に承継できるため、資産負債を個別に譲渡するスキームである事業譲渡に比べて事務的な負担を抑えつつ、抜本的な組織再編を可能にします。実務において会社分割が選択される主な場面には、以下のようなケースがあります。

会社分割は、うまく活用すれば不採算事業の立て直しや円満な事業承継といった目的を達成することができる手法ですが、会社法上の手続きが必要であるのに加え、税務観点からは後述する適格・非適格の判定によって税負担が大きく変わる可能性があるといった留意点もあります。スムーズかつ税負担を抑えた会社分割を行うためには、法務・税務の観点からの事前検討が必要不可欠です。

以下、会社分割の流れについて、全体スケジュールと税務上の手続きをそれぞれ解説します。

会社分割は、法務・税務双方の観点から、事前の検討や手続きを行う必要があります。以下、ごく一般的な会社分割のスケジュールと主な手続きの流れを解説します。

ステップ1：会社分割の企画とスキームの決定
まず、会社分割の目的（分社化、事業承継など）に合わせて吸収分割と新設分割のどちらかを選択するとともに、分割対価の内容と分割対価を受け取る者を決定します。選択・決定においては、税務上の適格非適格の判定や、会社分割による関係当事者の課税関係をシミュレーションし、当事者の合意を得ておくことが重要です。

ステップ2：吸収分割契約書または新設分割計画書の作成と承認
吸収分割にあっては吸収分割契約の締結（会社法757条）、新設分割にあっては新設分割計画の作成（同法762条）をそれぞれ行う必要があることから、分割の合意に基づき、吸収分割契約書（吸収分割の場合）または新設分割計画書（新設分割の場合）を作成し、会社法で要求される機関における承認を受けます。また、会社法の定めに従い、事前の備置書類を本店に備え置くなどの法的プロセスも必要です。

ステップ3：債権者保護手続き
会社分割の効力を発生させるために、会社法で規定されている債権者保護手続き（官報への公告や知れている債権者への個別催告など。会社法789条など）を行う必要があります。

ステップ4：効力発生・登記
分割契約等で定めた効力発生日に、事業の権利義務が承継会社に引き継がれます。吸収分割にあっては効力発生後2週間以内（会社法923条）、新設分割にあっては一定の日から2週間以内に、それぞれ分割の登記の申請を行う必要があります（同法924条）。

ステップ5：税務届出や会計処理
登記完了後、遅滞なく税務署等へ組織再編があった旨の届出書を提出します。合わせて、分割により権利変動が生じる当事者は、それぞれ経理処理を行います。

会社分割が完了した後、分割法人と分割承継法人は、税務署や地方自治体に対して遅滞なく所定の届出を行う必要があります。

法人税に関しては、会社分割があったことについて、下記URLの異動事項に関する届出（異動届）を提出します。提出時に「法人税」と「消費税」の両方にチェックを入れると、消費税に関する異動届を提出する必要がなくなります。

参考：国税庁ホームページ C1-8　異動事項に関する届出
https://www.nta.go.jp/taxes/tetsuzuki/shinsei/annai/hojin/annai/1554_5.htm

また、適格分割を行った場合において、分割対象資産に減価償却資産や一括償却資産などが含まれるときは、所定の届出書を税務署へ提出する必要があります。主な届出は「適格分割等による期中損金経理額等の損金算入に関する届出」や、「適格分割等による一括償却資産の引継ぎに関する届出」などですが、圧縮記帳に係る特別勘定の金額を分割承継法人に引き継ぐ場合などは、それぞれ特定の届出を提出する必要があります。

参考：国税庁ホームページ C6 企業組織再編関係
https://www.nta.go.jp/taxes/tetsuzuki/shinsei/annai/kigyosaihen/mokuji.htm

なお、都道府県および市区町村に対しても異動届の提出が必要です。必要な届出や添付書類は自治体によって異なりますので、詳細は自治体ホームページでご確認いただくか、自治体にお問い合わせください。

以上、会社分割の流れを解説しました。次に、会社分割の税制適格・非適格判定と、会社分割を行う際の留意点を解説します。

会社分割における税制適格とは、一定の要件を満たす場合に、会社分割による課税関係を生じさせないもしくはその影響を緩和する制度のことです。

通常、会社分割により資産負債を移転させる際には、その時点の時価で譲渡したものとされ、譲渡益がある場合には譲渡益に対して法人税が課税されます（法人税法62条）。しかし、グループ内での組織再編や、共同で事業を行うための分割などのうち税制上の適格要件を満たす場合は、帳簿価額により資産が移転したものとされます。

この場合、分割法人においては、資産・負債を帳簿価額で譲渡したものとして扱うため、譲渡損益が発生せず、譲渡益に対する課税も生じません（適格分割型分割においては法人税法62条の2第2項、適格分社型分割においては同法62条の3）。なお、この場合、含み損がある資産についての譲渡損失も認識されません。また、分割承継法人においては、分割事業にかかる資産負債を帳簿価額で引き継ぎます。

一方で、適格要件を満たさない非適格分割に該当する場合は、時価評価による譲渡損益への課税が発生するため、資金繰りに大きな影響を及ぼす可能性があります。適格か非適格かは、資本関係（完全支配関係・支配関係等）に応じた要件によって判定されます。以下、具体的な適格要件について解説します。

会社分割が適格分割に該当するためには、分割前の資本関係に応じた一定の要件（適格要件）をすべて満たす必要があります。要件は、当事者間に完全支配関係がある場合、支配関係がある場合、支配関係がない場合の3パターンが存在し、要件の数は資本関係が薄くなるほど増えていきます。

まず、完全支配関係がある場合（100％グループ内）の会社分割、たとえば親会社と100％子会社、または同一の者が100％出資する兄弟会社間で行われる会社分割における原則的な適格要件は次のとおりです。

なお、継続保有要件は分割法人の株主と分割承継法人との間の要件であり、分割法人の株主と分割法人の間に完全支配関係が継続する見込みであることを求めるものではありません。この点、国税庁の質疑応答事例に詳しい解説がありますので合わせてご参照ください。

参考：国税庁質疑応答事例 企業グループ内の分割型分割における株式の保有関係について
https://www.nta.go.jp/law/shitsugi/hojin/33/07.htm

次に、支配関係がある場合（50%超、100%未満のグループ内）の会社分割、たとえば親会社から当該親会社が60%出資する子会社に対する会社分割における適格要件は次のとおりです。

最後に、支配関係がない場合の会社分割、たとえばA社の甲事業をA社の関連会社であるB社（A社はB社の発行済株式の33.3%を保有）へ分割した場合における適格要件は次のとおりです。

以上、会社分割の適格要件を解説しました。この記事の最後に、会社分割を行うにあたって適格要件の判定以外に気を付けるべきことを簡単に紹介します。

会社分割は、特定の事業を包括的に承継できる便利な手法ですが、実行にあたっては税務・労務・許認可の各方面で合併とは異なる特有の注意点が存在します。

1点目は、原則として繰越欠損金を引き継ぐことができない点です。適格合併の場合、被合併法人の繰越欠損金は一定の制限下で合併法人に引き継ぐことができますが、会社分割においては、たとえ適格分割であっても分割法人の繰越欠損金を承継会社が引き継ぐことは原則としてできません。

会社分割は分割法人が存続することを前提とした制度であり、その欠損金は引き続き分割法人が自身の所得と相殺するために保持すべきものと考えられているためです（法人税法57条2項参照）。「分社化して利益の出る事業と欠損金を相殺させる」といったスキームは、原則として成立しない点に注意が必要です。

2点目は、許認可の承継です。会社分割では権利義務を包括的に承継するものとされていますが、行政上の許認可（建設業許可、運送業許可、産業廃棄物収集運搬業許可など）については、必ずしも自動的に引き継がれるわけではありません。法律によっては、事前に承認を得ることで承継できるものもあれば、分割後に「新規取得」として一から取り直さなければならないものもあります。許認可が途切れると事業の継続が不可能になるため、あらかじめ管轄官庁への確認が不可欠です。

3点目は、不動産取得税と登録免許税のコストです。合併であっても会社分割であっても、不動産を承継する場合に登録免許税が必要なのは同じですが、合併の場合は会社分割と比べると不動産の所有権移転登記にかかる登録免許税の額が5分の1で済みます。また、合併の場合の不動産取得税は非課税ですが、会社分割の場合は一定の要件を満たさないと非課税とはなりません。会社分割は、合併よりも不動産の承継にかかるコスト負担が重くなることを予算に組み込んでおく必要があります。

参考：国税庁 No.7191 登録免許税の税額表
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/inshi/7191.htm

参考：東京都ホームページ 会社分割に係る不動産取得税の非課税措置について
https://www.tax.metro.tokyo.lg.jp/documents/d/tax/kaisyabunkatsu

会社分割は、事業の効率化や円滑な事業承継を実現するための有力な手段です。しかし、本記事で解説したとおり、スキームの選択から適格要件の判定、さらには許認可の承継や不動産関連のコストまで、検討すべき事項は極めて専門的かつ広範囲にわたります。

特に税務面では、要件を一つ見落とすだけで課税関係が大きく変わり、当初の目的であった経営改善が足かせとなってしまうケースも少なくありません。自社にとって最適な形での再編を進めるためには、早い段階から法務・税務の専門家と連携し、綿密なシミュレーションを行うことが成功への近道です。

会社分割を検討される際は、まずは複雑な組織再編の実務に精通した、お近くの税理士へお気軽にご相談ください。